Brf Gjuke har källsortering av soporna sedan 1997. Ett soprum finns på gården.
Hämtning av brännbart och komposterbart avfall administreras av Uppsala Vatten.
Hämtning av plast- och metallförpackningar, färgat och ofärgat glas, kartong samt tidningspapper sköts av Returpapperscentralen.
Batterier, glödlampor, lågenergilampor mm samlas i dagsläget ihop av föreningen i därför avsedda kärl och lämnas sedan vid någon av kommunens återvinningscentraler.
Allt övrigt avfall, inklusive miljöfarligt avfall måste varje medlem själv ombesörja att det lämnas vid någon av kommunens återvinningscentraler.